Durante el 2018 el Museo mantiene en desarrollo el proyecto de investigación FAIP SIP-N-67-INV “Reconstrucción del perfil bioantropológico y del contexto histórico de una momia parte de la colección del MHNC” (Eduardo Becker, investigador responsable y Marco Sánchez, coinvestigador ambos del MHNC; Eduardo Saldías, coinvestigador Universitat Autónoma de Barcelona y Albert Isidro, colaborador Hospital Universitari Sagrat Cor de Barcelona; Departamento de Anatomía Normal UDEC, colaboradores).
El proyecto tiene por finalidad conocer el perfil bioantropológico, las particularidades anatómicas y modo de vida, mediante técnicas morfoscopicas e imagenológicas, de un individuo momificado naturalmente, posiblemente un soldado chileno muerto en la Guerra del Pacifico.
Otro enfoque que está trabajando el Museo de Historia Natural de Concepción, es el de la vinculación con comunidades indígenas a través de investigaciones participativas. Los más recientes han sido el desarrollado durante el año 2019 junto a tejedoras pewenche del Alto Biobío titulado “Chañuntuku y matra, más que anverso y reverso: Usos, técnicas y relaciones de la expresión textil ecuestre pewenche de la colección del Museo de Historia Natural de Concepción, Chile” (Josefa Krstulovic, investigadora responsable MHNC; Paula Santana, coinvestigadora independiente; Pedro Mege y Natalia Canihuan, ambos coinvestigadores del CIIR).
Otra investigación que sigue esta línea fue la desarrollada durante el año 2021 y que tiene por título "Diálogo en torno al Chemamüll del Museo de Historia Natural de Concepción: Percepciones de su uso museístico y significaciones actuales en el Meli Witran Mapu" (Josefa Krstulovic, investigadora responsable MHNC; Antonio Chihuaicura, coinvestigador independiente; Roxana Torres, coinvestigadora MHNC y Mónica Obreque, coinvestigadora Museo Mapuche de Cañete) ambos proyectos realizados gracias al Fondo de Apoyo a la Investigación Patrimonial de la Subdirección de Investigación, del Servicio Nacional del Patrimonio Cultural.
