En 2011 el Museo dirigió el proyecto de investigación FAIP, DIBAM 24-03-192 (48) "Prácticas funerarias de grupos alfareros tempranos en la isla Santa María, entre los siglos I y V dC. (Región del Bío-Bío)". (Mauricio Massone, investigador responsable, Marco Sánchez, coinvestigador). Mediante el proyecto se profundizó en el conocimiento de los sistemas funerarios desarrollados en la isla Santa María, durante diferentes momentos de las ocupaciones tempranas y también en el período tardío prehispánico.
En 2010 el Museo participó en el proyecto de investigación FAIP, DIBAM "Ocupaciones alfareras en las costas de Concepción y Arauco: la secuencia Pitrén-El Vergel en la Araucanía, problemas y perspectivas". (Marco Sánchez, coinvestigador). El proyecto hizo posible postular un "Complejo Temprano", para los primeros siglos de la era cristiana, que se diferenciaría del temprano Complejo Pitrén, lo que permite considerar una mayor diversidad cultural para la costa de la región del Bío-Bío, durante ese período.
En 2009 el Museo dirigió el proyecto de investigación FAIP, DIBAM 24-03-192 (061) "Contextos funerarios de grupos alfareros tempranos en la isla Santa María" (Mauricio Massone, investigador responsable). El proyecto permitió estudiar las prácticas funerarias de grupos alfareros tempranos en la isla Santa María, región del Bío-Bío, que se remontan a fechas de 70 a 420 años dC., y corresponden a sociedades de cazadores recolectores en proceso de cambios en su sistema de vida.
En 2007 el Museo participó en el proyecto de investigación FAIP, DIBAM "La presencia de gallina (Gallus gallus) prehispánica en las costas de la península de Arauco: problemas y perspectivas". (Marco Sánchez, coinvestigador). Mediante el proyecto se comprobó la presencia de gallinas identificadas tanto morfológica como genéticamente, en las costas de la provincia de Arauco, entre 1.300 y 1.450 años dC., en un contexto de la cultura El Vergel.
En 2007 el Museo dirigió el proyecto de investigación FAIP, DIBAM 24-03-192 (42) "La sociedad El Vergel y el manejo de los recursos vegetales en la isla Santa María, entre los siglos X y XVI DC." (Mauricio Massone, investigador responsable). Los estudios de carpología realizados en el proyecto, permitieron descubrir el manejo de la quínoa, entre 1.030 y 1.460 dC., por parte de los grupos alfareros El Vergel que ocupaban la isla Santa María, en la región del Bío-Bío. Se pudo determinar además que utilizaban diferentes plantas silvestres de la isla para distintos fines.
Entre 2006 y 2010, el Museo participó en el proyecto de investigación FONDECYT 1060020. "Arqueología de cazadores-recolectores de Tierra del Fuego: el proceso de colonización y el factor de aislamiento geográfico, durante el Holoceno temprano y medio". (Mauricio Massone, coinvestigador). Mediante el proyecto se evaluó el tema de las barreras biogeográficas, en particular el estrecho de Magallanes, y la evolución cultural en Tierra del Fuego, desde que ésta se convirtió en isla hace unos 8.000 años AP. (Convenio FONDECYT, UMAG, DIBAM).
Entre 2002 y 2006, el Museo participó en el proyecto de investigación FONDECYT Nº 1020272 "Estrategias adaptativas entre los grupos El Vergel en las costas septentrionales de la Araucanía" (Coinvestigadores: Marco Sánchez y Mauricio Massone). El proyecto permitió obtener interesantes resultados en la configuración de un marco cronológico para las ocupaciones de la cultura El Vergel en distintos ámbitos costeros a escala regional, así como caracterizar los patrones de asentamiento, los patrones de susbsistencia y estrategias adaptativas en tiempos prehispánicos y de contacto.
Entre 2002 y 2005, el Museo dirigió el proyecto de investigación FONDECYT Nº 1020004 "Las ballenas en el mundo selk'nam: un enfoque desde la arqueología y otras disciplinas, en el norte de Tierra del Fuego". (Mauricio Massone, investigador responsable). A través del proyecto se estudió la relación entre los grupos cazadores recolectores selk'nam de Tierra del Fuego con diferentes especies de cetáceos, y su importancia tanto en el ámbito de la economía y organización social, como en el mundo ideológico (Convenio FONDECYT, DIBAM, UMAG).
